Ngày 2-11-1965, ngày giỗ đoạn tang Tổng thống Diệm và ông Cố vấn Nhu, chiến cuộc đã bắt đầu gia tăng. Chỉ một tuần lễ cuối tháng 10-1965 số quân nhân thương vong lên đến 1.600 người, tính trung bình mỗi ngày có trên 200 quân nhân hy sinh về chiến cuộc.
    Quốc lộ số 1 từ Long Khánh qua Phan Rang, Khánh Hoà, Phú Yên cho tới Quảng Trị hoàn toàn bị cắt đứt. Hàng không trở thành một phương tiện duy nhất nối liền Sài Gòn với các tỉnh miền Trung và Cao nguyên trung phần.
    Công trình ấp chiến lược bị phá huỷ toàn bộ từ năm 1964. Các địa điểm dinh điền trở nên hoang phế.
    Số cố vấn quân sự Mỹ trước năm 1963 là 14.000 người và chỉ ở cấp sư đoàn thì cuối năm 1965, đã tăng gấp 2 lần hơn và có mặt ở khắp các đơn vị quân binh chủng từ cấp tiểu đoàn đến chi khu.
    Đầu năm 1965, toà Đại sứ Mỹ rất thoả mãn vì đạt được ước vọng mà trước đó 2 năm Toà Đại sứ này dã tìm mọi cách để thuyết phục Tổng thống Diệm chấp nhận nhưng ông Diệm kiên quyết từ chối.
    Đó là việc toà Đại sứ Mỹ thiết lập mỗi vùng chiến thuật một cơ cấu mệnh danh cơ quan dân sự vụ do một Giám đốc người Mỹ chỉ huy. Kể từ đây viên Giám đốc này được coi là Cố vấn dân sự Mỹ tối cao tại văn phòng Chính phủ. Toà hành chính tỉnh đều có Cố vấn dân sự Mỹ đảm trách: Cố vấn về hành chính, an ninh, xây đựng nông thôn, viện trợ kinh tế Mỹ và kể cả giáo dục học hành.
    Tại Trung ương, các Bộ đều thiết lập một cơ quan dành riêng cho viên chức Cố vấn Mỹ kể cả ngành văn hoá giáo dục đến xã hội y tế.
    Trước 1963, toà Đại sứ Mỹ chỉ có một phòng trung ương tình báo nhưng nay thì toà Đại sứ lại thiết lập thêm một sở mệnh danh An ninh dân sự do một Giám đốc đứng đầu. Ngoài tổ chức CIA còn có tổ chức CID, đặt cơ sở và hoạt động trên toàn cõi Việt Nam. Hình ảnh người lính Mỹ xuất hiện như một thứ uy quyền mới. Hải cảng Cam Ranh trở thành căn cứ tiếp vận vĩ đại của Mỹ mang tên Mỹ " Cam Ranh City"- Long Bình, Biên Hoà, An Khê, Quy Nhơn đều là những căn cứ lớn lao bậc nhất của lục quân Mỹ tại Đông Nam Á.
    Số Cố vấn Mỹ được tăng thêm 5000 người vào tháng 6-1964 (cộng với 14.000 trước năm 1963). Nhưng sau vụ tàu Maddox (2-8-1964) số Cố vấn được gia tăng rất mau. Đầu tháng 8- 1964 phản lực cơ F-102 của không lực Mỹ lần đầu tiên được gửi qua Việt Nam tham chiến.
    Chiến tranh mở rộng. Quân lực Mỹ ào ạt đổ vào Nam Việt Nam. Quân số lên tới 526.000 gồm thuỷ, lục, không quân. Tiếp theo quân đội Đại Hàn, Tân Tây Lan, Úc Đại Lợi, Phi Luật Tân, Thái Lan sau này cũng ào ạt tiến vào Nam Việt Nam.
    Ba tháng sau khi anh em Tổng thống Diệm qua đời, tướng Nguyễn Khánh lại làm đảo chính và mệnh danh là chỉnh lý vào ngày 30-1-1964 và Hội đồng Quân nhân ra quyết định chấm dứt nhiệm vụ của Ban chấp hành Hội đồng thành lập ngày 1-11-1963 . Tướng Khánh ra tuyên cáo giải thích lý do của cuộc chỉnh lý là vì "Từ 3 tháng nay, tình hình suy sụp về mọi mặt, chính quyền tỏ ra bất lực và phản cách mạng, một số người chạy theo thực dân và Cộng sản do đó một lần nữa quân đội phải đứng lên can thiệp". Các tướng Kim, Xuân, Đôn, Đính bị giam giữ. Thủ tướng Nguyễn Ngọc Thơ bị bắt đem vào Bộ Tổng Tham mưu và do chỉ thị của Thiếu tướng Dương Văn Đức, Đại uý Chi rút dây lưng da trói hai tay ông lại và dẫn đi ở sân cờ Bộ Tổng Tham mưu. Thật là " bức tranh vân cẩu vẽ người lao đao". Sau đó, ông Thơ được phóng thích và xin từ chức cùng với toàn thể nội các của ông.
    Ngày 17-2-1964, sĩ quan báo chí Bộ Quốc phòng chính thức tiết lộ: " Thiếu tá Nguyễn Văn Nhung sĩ quan tổng quát và tuỳ viên của Trung tướng Dương Văn Minh bị bắt giữ hồi đêm 30-1-1964 và giam tại lữ đoàn nhảy dù trại Hoàng Hoa Thám - ông Nhung tự vẫn bằng dây giày". Ông Nhung chết năm 39 tuổi. ông được vinh thăng Thiếu tá sau ngày đảo chính 1-11-1963 và cho đến nay vẫn được coi là " tác giả" bắn vào đầu và đâm vào lưng anh em Tổng thống Diệm. Theo tài liệu đặc biệt của nhật báo Dân Ý, từ số 140 ngày 1-10-1970 đến số 160 thì Thiếu tá Nhung vốn là người ngang ngược hung dữ. Dân vùng Hưng Phú, Chánh Hưng mệnh danh ông Nhung là " cọp đen " ông Nhung vốn là sĩ quan thân tín của tướng Minh và rất được tướng Minh thương yêu (Thiếu tá Nhung có máu nghệ sĩ, hay đánh lộn và say mê tuồng cải lương cùng "món" lục huyền cầm và sáu câu vọng cổ). Theo tài liệu đã dẫn thì Thiếu tá Nhung bị đá bể lá lách sau khi ông đã khai tất cả những bí mật trong vụ thanh toán anh em Tổng thống Diệm. Lời khai của ông được thâu băng và trao cho tướng Khánh.
    Kể từ biến cố 1-11-1963 cho đến khi thành lập Đệ nhị Cộng hoà ngày 20-11-1967, trong vòng 4 năm, miền Nam đã trải qua 4 Chính phủ : Chính phủ Nguyễn Khánh (quân nhân), Chính phủ Trần Văn Hương (độc lập), Chính phủ Phan Huy Quát (Đại Việt), Chính phủ Nguyễn Cao Kỳ (quân nhân). Đó là lẽ tất yếu, bởi làm mất lòng các “ông bầu” thì Chính phủ sẽ không thể tồn tại.